合理分配指挥值是提升效率的核心。每支舰队最多可容纳300指挥值（九级基地解锁相关建筑后可提升至400），舰船位置分为前中后排且不可手动调整，完全由蓝图中的舰船定位决定。前排会优先承受敌方火力，因此需要将高防御舰船如ST59、奇美拉级放置于此，中后排则配置输出型舰船如红宝石、永恒风暴等。编队时记得为舰队命名以便快速识别，避免系统默认名称导致混乱。
防御型舰船如卡利莱恩特种型适合前排吸收伤害，而中后排优先选择高攻巡洋舰如大帝或载机母舰。高速护卫舰如阋神星适合组建机动编队，利用其900巡航速度执行快速支援或包夹任务。注意避免将低速战巡（如太阳鲸）与高速舰混编，否则会拖累整体移动速度。增援功能可灵活补充前排防御或后排输出，但需确保增援舰船速度与主队匹配。
强化舰船属性是提升编队质量的关键。优先为前排装甲系统加点，提高护甲和能量抗性；输出型舰船重点强化武器系统的冷却、暴击和命中属性；载机舰则需升级机库维护系统以提升舰载机效能。技术值分配遵循扬长避短原则，例如艾奥级优先点闪避技能增强生存能力。武器调校时，主力输出舰的主武器应优先使用高级技术材料，确保伤害最大化。
实战中需根据敌方配置动态调整编队。若对手以航母为主，需增加防空舰艇如孢子战斗机或防空型光锥；面对高爆舰队时，前排可替换为能量抗性突出的舰船。盟战时提前将母舰调至前线基地附近待命，通过增援指令快速加入战斗。撤退时避免让母舰单独行动，建议用工程舰护送回基地以防被伏击。定期检查舰船战损情况，及时补充关键舰载机如小米防空机或VB输出机。
工程舰单独编组并优先强化仓储与开采系统，确保资源采集效率。开箱获取高级舰船时，建议在基地等级较低时集中开启以提高出货概率。积极参与联盟活动和星系占领，积累技术储备兑换高品质蓝图。高效的编队不仅依赖单舰强度，更需整体协同与战术应变。
